Le Département de génie civil et de génie des eaux comprend de multiples installations qui permettent d'accompagner et supporter les activités de recherche et d'enseignement. L'ensemble des laboratoires du département représente environ 3500 m2 et est muni de montages et d'équipements de pointe, acquis grâce à l'obtention de fonds issus de concours auprès d'organismes subventionnaires (québécois ou canadien), ou de fonds universitaires.
Les laboratoires propres aux divers secteurs d'activités sont brièvement décrits ci-bas: